آنالیز فیلوژنتیکی جدایه های ویروس کوتولگی زرد کدوییان و ارزیابی مقاومت توده های بومی و امکان ایجاد مقاومت مشتق از بیمارگر نسبت به آن در خربزه
thesis
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده کشاورزی
- author طیبه کشاورز
- adviser مسعود شمس بخش محمد علی ملبوبی کرامت اله ایزد پناه
- Number of pages: First 15 pages
- publication year 1392
abstract
بیماری های زردی ناشی از ویروس های قابل انتقال با سفیدبالک در مزارع کشت کدوییان و گلخانه اهمیت زیادی داشته و به کدوییان مناطق وسیعی از جهان خسارت زیادی وارد می کنند. دو کراینی ویروس قابل انتقال با سفید بالک cysdv و ccyv از عوامل ایجاد کننده زردی در کدوییان هستند. اگرچه cysdv از استان بوشهر گزارش شده، اطلاعات جامعی از وجود آن در سایر مناطق کشت کدوییان ایران وجود ندارد. از این رو در این تحقیق پراکنش جغرافیایی و تنوع ژنتیکی این ویروس تعیین شد. علاوه بر این وقوع سایر ویروس های عامل زردی بررسی شد. با استفاده از آزمون انتقال ، rt-pcr و تعیین توالی، ccyv در برخی مناطق کشت کدوییان در ایران تشخیص داده شد و رابطه مولکولی این ویروس با cysdv و سایر کراینی ویروس ها بررسی شد. همچنین در این تحقیق واکنش برخی توده های بومی خربزه به cysdvمورد بررسی قرار گرفت. با توجه به منابع نادر مقاومت به cysdv در خربزه و خیار در این مطالعه بیان موضعی سازه های ایجاد کننده ساختارهای سنجاق سری جهت القاء مقاومت در خربزه و خیار مورد ارزیابی قرار گرفت. در این تحقیق 366 نمونه شامل خربزه ، خیار ، خیار چنبر و کدو دارای علائم ویروس کوتولگی زرد کدوییان از 10 استان، با استفاده ازآزمون غیرمستقیم elisa با آنتی بادی cysdv مورد ارزیابی قرار گرفتند و آلودگی نمونه ها توسط آزمون rt-pcr تایید شد. نتایج نشان دهنده آلودگی 309 نمونه از 366 نمونه به cysdv بود. این ویروس در بسیاری مناطق جنوبی و مرکزی ایران شناسایی شد. توالی ژن رمز کننده پروتئین پوششی جدایه های ایرانی cysdv تعیین و آنالیز فیلوژنتیکی انجام شد. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده به روش نزدیک ترین همسایه (neighbor joining) نشان داد که جدایه های ایرانی تشکیل یک خوشه داده و در زیر گروه شرقی قرا می گیرند. زیر گروه شرقی cysdv به دو زیر شاخه مجزا شامل جدایه های ایران وجدایه های عربستان تفسیم شدند. تشابه میان جدایه های ایرانی بیش از 99 درصد بود. میانگین فاصله ژنتیکی جدایه های ایران 008/0 و 004/0 به ترتیب در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی بود و مقایسه توالی cp cysdv نشان دهنده مقدار متغیری از dn-ds بین 75/2- تا 04/1 بود. مقدار dn-ds در اکثر موقعیت ها منفی بود که نشان دهنده نقش انتخاب منفی در تکامل پروتئین پوششی cysdv بود. آنالیز فیلوژنتیکی نشان دهنده تنوع ژنتیکی پایین جدایه های بود. استفاده از آغازگر اختصاصی ccyv در آزمون rt-pcr منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار در نمونه های ایوانکی و برخی نمونه های ورامین و بوشهر شد. این اولین گزارش از وقوع آلودگی ccyv در ایران است. توالی ژن رمز کننده پروتئین پوششی جدایه های ایرانی ccyv تعیین و آنالیز فیلوژنتیکی انجام شد. میانگین فاصله ژنتیکی جدایه های ccyv تمام مناطق جهان بر اساس توالی آمینواسیدی cp 055/0 بود. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده به روش نزدیک ترین همسایه (neighbor joining) نشان داد که جدایه های ccyv در دو گروه قرار می گیرند، گروه i شامل جدایه های چین، لبنان، ژاپن، سودان و تایوان و گروه ii شامل جدایه های ایران. در بین جدایه های ایران، جدایه ایوانکی از سایر جدایه ها متفاوت بود و در گروهی مجزا از جدایه های بوشهر و ورامین قرار گرفت. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده بر اساس توالی آمینو اسیدی پروتئین پوششی به روش نزدیک ترین همسایه (neighbor joining) نشان داد که جدایه های ccyv رابطه نزدیک با lcv دارند و ccyv، cysdv، lcv و bnydv در یک گروه قرار گرفتند در حالی که bpyv که عامل بیماری زردی در کدوییان بوده و علایم مشابه ccyv و cysdv در گیاهان تیره کدو ایجاد می کند در گروه دیگری قرار گرفت. بکارگیری واریته های مقاوم بهترین راه مدیریت خسارت ناشی از ویروس ها است. در تحقیق حاضر واکنش 25 توده بومی خربزه و طالبی (cucumis melo) جمع آوری شده از مناطق مختلف ایران تحت شرایط مایه زنی کنترل شده به جدایه بوشهر cysdv ارزیابی شدند. مایه زنی بوته ها در مرحله سه برگی توسط سفید بالک bemisia tabaci حامل ویروس انجام و واکنش نمونه های فوق بر اساس میانگین شدت شاخص بیماری 8 هفته پس از مایه زنی، زمان ظهور علایم (درصد آلودگی 20 روز پس از مایه زنی) و میانگین جذب در آزمون الیزا 8 هفته پس از مایه زنی مورد ارزیابی قرار گرفت. تنها دو نمونه چروک زرد و تیل زرد تاخیر در ظهور علایم، شاخص شدت بیماری پایین و میزان جذب پایین در آزمون الیزا نشان دادند و بر این اساس مقاوم به ویروس و متحمل به بیماری قلمداد شدند. در این تحقیق برای بررسی امکان ایجاد مقاومت از طریق مقاومت پاتوژن زاد (مقاومت ناشی از خاموشی آر ان ای) ازorf1b که ژن رمز کننده rdrp و orf3 که کد کننده مهار کننده خاموشی آر ان ای (vsr) می باشد سه سازه مورد استفاده قرار گرفت. در سازه c1 که به عنوان شاهد مورد استفاده قرار گرفت هیچ ترادفی از cysdv وجود نداشت. سازه c2 بخشی از ترادف های rdrp و vsr ویروس کوتولگی زرد کدوییان در جهت سنس، سازه c3 بخشی از ترادف های rdrp و vsr به صورت سنس- اینترون- آنتی سنس داشت. سازه ها به نحوی طراحی شدند که محصول ترانویسی سازه c2 به صورت mrna تک رشته ای و محصول ترانویسی سازه c3 ام آر ان ایی خواهد بود که ساختار سنجاق سری تشکیل می دهد. این سازه ها ابتدا در حامل hannnibal ساخته شد و سپس به حامل pfgc5941 که یک حامل برای بیان ژن در گیاه است منتقل شد. در مورد c3 علاوه بر این به حامل part27 نیز منتقل شد. این سازه ها در گیاه با استفاده از روش تراریختی موضعی ( تزریق اگروباکتری با سر نگ به بافت برگ) مورد ارزیابی قرار گرفتند. ارزیابی بر اساس ظهور علایم و میانگین جذب در آزمون الیزا 4 هفته پس از مایه زنی انجام شد. آلودگی 100 در صدی پس از مایه زنی ویروس با استفاده از سفید بالک (b. tabaci) در گیاهان تزریق شده با هر سه سازه مشاهده شد. اگرچه در برخی گیاهان تزریق شده با سازه c3 مقدار جذب در آزمون الیزا مقداری کمتر از سایر گیاهان بود با اینحال در آزمون آماری اختلاف معنی داری بین سازه های مختلف مشاهده نشد. بر اساس نتایج به دست آمده در این پژوهش به نظر می رسد بیان موضعی بخشی از متوقف کننده خاموشی آر ان ای (vsr) در کنار بخشی از ژن rdrp تاثیری در ایجاد مقاومت به ویروس نداشت.
similar resources
ارزیابی مقاومت ژنوتیپ های خیار به ویروس کوتولگی زرد کدوییان
بیماریهای زردی ناشی از ویروسهای قابل انتقال با سفیدبالک در مزارع کشت کدوییان و گلخانه اهمیت زیادی داشته و به کدوییان مناطق وسیعی از جهان خسارت زیادی وارد میکنند. بکارگیری واریتههای مقاوم بهترین راه مدیریت خسارت ناشی از این ویروسها است. به منظور یافتن منابع مقاومت به ویروس کوتولگی زرد کدوییان (Cucurbit yellow stunting disorder virus, CYSDV) واکنش 51 ژرم پلاسم خیار (Cucumis sativus) تحت شرا...
full textارزیابی واکنش برخی توده های بومی خربزه ایران به ویروس کوتولگی زرد کدوئیان
ویروس کوتولگی زرد کدوئیان(cysdv) عضو جنس crinivirus از تیره closteroviridae، یکی از ویروس های خسارت زا در تیره کدوئیان می باشد. بکارگیری واریته های مقاوم بهترین راه مدیریت خسارت ناشی از این ویروس است. در تحقیق حاضر واکنش 25 توده بومی خربزه و طالبی(cucumis melo) جمع آوری شده از مناطق مختلف ایران تحت شرایط مایه زنی کنترل شده به جدایه بوشهر cysdv ارزیابی شدند. مایه زنی بوته ها در مرحله سه برگی توس...
full textآنالیز فیلوژنتیکی چهار جدایه های ایرانی ویروس کوتولگی زرد کدوییان بر اساس انتهای 3 آر. ان. ای شماره 1 (مقالهی کوتاه انگلیسی)
به منظور آنالیز فیلوژنتیکی جدایه های ایرانی ویروس کوتولگی زرد کدوییان (Cucurbit yellow stunting disorder virus, CYSDV) ناحیه انتهای ¢3 RNA1 (به طول 560 نوکلئوتید) از چهار جدایه ویروس کوتولگی زرد کدوییان جمع آوری شده از استان های بوشهر، کرمان (جیرفت)، خوزستان(دزفول) و تهران با واکنش زنجیره ای پلی مراز و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد. ترادف نوکلئوتیدی ناحیه مذکورتعیین و با توالیهای م...
full textارزیابی واکنش برخی تودههای بومی خربزه ایران به ویروس کوتولگی زرد کدوئیان
ویروس کوتولگی زرد کدوئیان(CYSDV) عضو جنس Crinivirus از تیره Closteroviridae، یکی از ویروسهای خسارت زا در تیره کدوئیان میباشد. بکارگیری واریتههای مقاوم بهترین راه مدیریت خسارت ناشی از این ویروس است. در تحقیق حاضر واکنش 25 توده بومی خربزه و طالبی(Cucumis melo) جمعآوری شده از مناطق مختلف ایران تحت شرایط مایهزنی کنترل شده به جدایه بوشهر CYSDV ارزیابی شدند. مایهزنی ...
full textارزیابی تنوع ژنتیکی و تجزیه ارتباط برای مقاومت به ویروس موزائیک زرد کدو zymv در توده های بومی خربزه ایرانی (cucumis melo l.) با استفاده از نشانگرهای issr
گونه های مختلف خانواده کدوئیان بویژه انواع ملون (cucumis melo l.) از مهمترین منابع غذایی بشر می باشند که گسترش جهانی دارند. از مهمترین عوامل محدودکننده تولید ملون ها، بیماری های ویروسی مانند ویروس zymv می باشد که گاهی تا 100 درصد عملکرد را از بین می برد. به منظور شناسایی ژنوتیپ های مقاوم و مکان های مرتبط با مقاومت به این ویروس، میزان مقاومت 32 توده و 12 رقم هیبرید ملون نسبت به ویروس zymv با روش...
15 صفحه اولآنالیز ترادف نوکلئوتیدی جدایه ایرانی ویروس موزائیک کوتولگی ذرت و بررسی منشاء و تکامل آن
ترادف کاملنوکلئوتیدی جدایه ایرانی ویروس موزائیک کوتولگی ذرت (Maize dwarf mosaic virus MDMV-Ir) تعیین گردید. ژنوم ویروس بجز دنباله Poly A انتهایی ʹ3، 9499 نوکلئوتید بود که شامل 139 نوکلئوتید ناحیه خوانده نشدنی ʹ 5 و 234 نوکلئوتید ناحیه خوانده نشدنی ʹ 3 و یک چارچوب باز خواندنی که یک پلی پروتئین با 3042 اسید آمینه را کد می کند را شامل می شد. MDMV-Ir با سایر جدایه های ویروس4/86 تا 9/91 درصد شباهت...
full textMy Resources
document type: thesis
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده کشاورزی
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023